Προερχόταν από πουριτανική οικογένεια του Μπρίστολ και είχε ουμανιστική εκπαίδευση. Ο πατέρας του ήταν δικηγόρος με κτηματική περιουσία, πράγμα που επέτρεψε στο γιο να σπουδάσει, αρχικά στο Westminster School του Λονδίνου και αργότερα στο Christ Church College της Οξφόρδης. Ανικανοποίητος από τη σχολαστική Φιλοσοφία, ασχολήθηκε με τα κείμενα του Καρτέσιου. Εκτός από Φιλοσοφία, σπούδασε κυρίως Ιατρική και Χημεία. Το 1658 πήρε τους δύο πρώτους ακαδημαϊκούς τίτλους. Στα επόμενα χρόνια γνωρίστηκε με τους Μπόυλ και Νεύτωνα.

Από το 1667 ήταν γραμματέας και ιδιωτικός γιατρός στον μετέπειτα πρωθυπουργό Λόρδο του Σαίφτσμπερυ. Ενεπλάκη στις δολοπλοκίες του εργοδότη του και αναγκάστηκε να καταφύγει το 1675 στη Γαλλία και το 1683 στην Ολλανδία. Με την αλλαγή στην κυβέρνηση το 1689 επέστρεψε πάλι στην Αγγλία.

Ως φιλόσοφος προετοίμασε ο Λοκ το διαφωτισμό και εισήγαγε με το έργο του «Περί της ανθρώπινης νοήσεως» (1689) τον εμπειρισμό. Συγκεκριμένα υπεστήριζε ότι η ανθρώπινη ψυχή είναι «άγραφο χαρτί», το οποίο γεμίζει με γνώσεις από τις εμπειρίες στη διάρκεια της ζωής. Ως θεωρητικός της λειτουργίας του κράτους τεκμηρίωσε τη λειτουργία της συνταγματικής δημοκρατίας. Με το έργο του «Δύο μελέτες για τη διακυβέρνηση» (1690) όρισε την ισότητα, την ελευθερία και τη δικαίωμα για προστασία του προσώπου kαι της περιουσίας ως ανώτατες αρχές δικαίου. Ο λαός πρέπει να αποφασίζει για την κατάλληλη μορφή διακυβέρνησης και επιβάλλεται να εξασφαλιστεί η ελευθερία όλων των θρησκευμάτων. Έγραψε σχετικά ένα «Δοκίμιο περί ανεjιθρησκείας». 

Η φιλοσοφία του Λοκ επηρέασε τους φιλοσόφους  Χιουμ, Λάιμπνιτς και Καντ. Επίσης, η θεωρία του Λοκ για τη συγκρότηση του κράτους επηρέασε σημαντικά την κήρυξη της ανεξαρτησίας των ΗΠΑ το έτος 1776, το νέο γαλλικό σύνταγμα του 1791, καθώς επίσης γενικότερα το αστικό φιλελεύθερο πολίτευμα.